Фамилия Кесарина — редкий случай в русской ономастике, где основа напрямую связана с титулом, но не с владельцем, а с его женой. В отличие от привычных Кесаревых, образованных от имени или прозвища Кесарь (в основе — римский титул «цезарь», попавший в обиход через церковнославянский язык), Кесарина происходит от женской формы того же слова. В старину «кесариной» называли жену кесаря — правителя, царя, либо просто женщину, которую в шутку или с уважением величали таким образом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кесарина, то есть дочь или жена Кесарины.

Такой тип фамилий — от женского прозвища или имени — встречается реже, чем от мужского, и часто сигнализирует о том, что в основе лежит прозвание матери или вдовы. В крестьянской среде, где фамилии закреплялись в XIX веке, женщину, обладавшую властным характером или жившую в достатке, могли прозвать Кесариной, а её дети автоматически получали это прозвище как фамильное. Второй возможный, но менее вероятный путь — от редкого женского имени Кесарина, которое давали в честь святой Кесарии (Кесарины), почитаемой в православии. Имя это, впрочем, было книжным и нечастым, а фамилия Кесарина встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где влияние церковнославянской лексики было сильнее.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кесарев — самая распространённая форма, Кесаринов — более редкая, с двойным суффиксом, а Кесарина стоит особняком именно из-за женской основы. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян Кесаревых, но форма на -ина закрепилась, скорее всего, позже, когда фамилии стали передаваться по материнской линии после смерти кормильца или в случае, когда мать была более заметной фигурой в общине. Сегодня носителей фамилии Кесарина немного, и география её размыта, но каждый случай — это прямая отсылка к той женщине, которую в своём окружении называли «царицей» на местный лад.