Фамилия Кесиди — редкий пример, где основу, скорее всего, составляет прозвище Кес, а суффикс -иди указывает на греческое или греко-понтийское происхождение модели фамилии. Такое окончание характерно для фамилий греков Причерноморья и Крыма, где -иди (или -идис) означает «сын» или «потомок». То есть Кесиди — буквально «потомок Кеса».

Сам корень Кес — спорный. Наиболее правдоподобна версия, связывающая его с крымско-татарским kes — «лицо». Прозвище могли дать человеку с яркой внешностью или запоминающимися чертами. В пользу этой гипотезы говорит география: ранние известные носители фамилии Кесиди зафиксированы в Краснодарском крае и Крыму, где веками жили понтийские греки в окружении тюркоязычного населения. В Книге памяти Краснодарского края упоминается Кесиди Николай Кириянович, родившийся в 1896 году в станице Марчанская Крымского района, а также Кесиди Ефимия Кириаковна (1897 г.р.) и Константин Кириакович (1894 г.р.) — все трое, судя по отчествам, дети некоего Кириака (Кирияна), что типично для греческих семей.

Существует и другая гипотеза — от армянского kes («половина»). Если принять её, прозвище могло относиться к человеку, который делил землю, или к невысокому росту. Однако армянский след в фамилии с греческим суффиксом -иди менее вероятен: армянские фамилии чаще образуются через -ян/-янц. Третья версия — топонимическая, от города Эль-Кес в Верхнем Египте — выглядит натянутой: маловероятно, чтобы выходцы из Египта оказались в XIX веке в кубанских станицах.

Таким образом, фамилия Кесиди — это греческая по форме фамилия (суффикс -иди) с тюркской основой, указывающей на внешность предка. Носители её — потомки понтийских греков, переселившихся из Крыма на Кубань, где и оставили след в документах конца XIX — начала XX века.