Фамилия Хааритонов — редкий случай, когда написание говорит о происхождении больше, чем корень. Двойная «а» в начале выбивается из привычной русской нормы: стандартная фамилия от канонического имени Харитон пишется с одной «а» — Харитонов. Здесь же мы видим либо устойчивую орфографическую ошибку, закреплённую в документах, либо, что вероятнее, финно-угорский или прибалтийский след.

Дело в том, что в финском, карельском, эстонском и других языках этой группы долгие гласные на письме передаются удвоением. Фамилия могла возникнуть у потомков ингерманландских финнов или карел, которые приняли православие и получили имя Харитон (в просторечии — Харитон, от греческого «харис» — милость, благодать). При записи в метрических книгах или паспортах XIX — начала XX века местный писарь, привыкший к финской графике, мог машинально написать «Haa» вместо «Ha», и так фамилия закрепилась. Второй вариант — запись фамилии через немецкое посредничество (например, в остзейских губерниях), где долгие гласные тоже обозначали удвоением.

Основа та же, что и у многочисленных Харитоновых: от крестильного имени Харитон. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Харитона». Таким образом, предок носителя фамилии Хааритонов по имени был Харитоном. Но сама фамилия — маркер не столько родства, сколько географической и этнической истории семьи. Если ваши предки — Хааритоновы, велика вероятность, что корни ведут в Карелию, Ленинградскую область, Эстонию или в среду петербургских финнов-ингерманландцев.

Встречается фамилия крайне редко, в основном на северо-западе России и в странах Балтии. С точки зрения словообразования интересно, что двойная «а» не меняет ударения — оно падает на второй слог: Хаарито́нов. По сословной принадлежности носители могли быть как крестьянами (бывшими государственными или помещичьими, часто обращёнными в православие финнами), так и мещанами. Дворянской фамилией Хааритонов не была — в родословные книги она не попала.