Фамилия Хабибулаев происходит от арабского мужского имени Хабибулла, что в переводе означает «любимец Аллаха». Это сложное имя, состоящее из двух частей: «Хабиб» — «любимый, друг» и «Улла» — один из эпитетов Аллаха. В исламской традиции Хабибулла — почетный эпитет пророка Мухаммада, поэтому имя с древних времен пользовалось особым уважением.

Образована фамилия по классической для тюркских и кавказских народов модели: к имени отца добавили русский патронимический суффикс -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный. В данном случае конечная «а» имени Хабибулла отпала, и получилась форма Хабибулаев — «сын Хабибуллы». Такая словообразовательная цепочка типична для фамилий, которые складывались в XIX — начале XX века, когда мусульманские народы Российской империи активно включались в общероссийскую систему учета населения.

Имя Хабибулла встречается у многих народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, чеченцев, ингушей, дагестанцев, казахов и узбеков. Поэтому фамилию Хабибулаев нельзя однозначно приписать какому-то одному этносу — она бытует в разных регионах, от Поволжья до Средней Азии. Чаще всего ее носители — потомки людей, чьи предки носили имя Хабибулла, которое в силу своей религиозной значимости давали мальчикам в надежде, что те вырастут достойными мусульманами.

В арабской ономастике имя Хабибулла зафиксировано как одно из теофорных имен, то есть таких, которые включают в себя имя Бога. Подобные имена (Абдулла, Убайдулла, Саидулла) подчеркивали близость человека к Творцу и его преданность вере. В отличие от многих других арабских имен, которые приходили в обиход через Коран и религиозную литературу, Хабибулла не относится к именам пророков или ангелов, а является именно эпитетом, что делает его несколько уникальным.

Стоит добавить, что в русском языке фамилия закрепилась именно в форме Хабибулаев, хотя в некоторых регионах встречаются варианты Хабибуллаев (с удвоенной «л») или Хабибулин. Последний вариант чаще встречается у татар и башкир, где использовался суффикс -ин. Разница в написании отражает местные традиции адаптации арабских имен к русской грамматике, но смысловое ядро фамилии остается неизменным — память об имени, которое несло в себе пожелание божественной любви и покровительства.