Фамилия Хахандукова — случай, когда за необычным звучанием стоит вполне прозрачная, хотя и редкая, словообразовательная модель. Основа здесь — прозвище Хахандук, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. В тюркских языках «хахан» (или «каган») — верховный правитель, хан ханов. Вторая часть, «дук», может быть уменьшительным или пренебрежительным суффиксом (ср. «аргындук» в казахском). Тогда Хахандук — это ироничное, полупочтительное прозвище, которое могли дать человеку с властными манерами или, напротив, тому, кто любил командовать, но не имел на то реальных оснований. Примерно как «царёк» или «князёк» в русской среде.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с осетинским именем Хахан, но в таком случае суффикс «-дук» остаётся необъяснённым. Тюркское происхождение выглядит убедительнее, поскольку модель «прозвище + тюркский аффикс» типична для южнорусских и казачьих фамилий, особенно в регионах, где русские долго контактировали с татарами, ногайцами или кумыками.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Хахандуков. Женская форма Хахандукова образована по тому же правилу. Сама фамилия редкая и географически привязана к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью, где такие гибридные тюркско-славянские антропонимы встречаются чаще всего.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьяне и казаки получали фамилии по прозвищам. Носительница фамилии Хахандукова могла происходить из казачьей или крестьянской среды, где прозвище давалось за характер или манеру поведения, а не за род занятий.