Фамилия Халабура — яркий пример прозвищной фамилии, образованной без суффикса, напрямую от слова. Её основа — украинское или южнорусское «халабура», что означало «шум, гам, суматоха», а также «беспорядок, неразбериха». В некоторых говорах так называли неопрятного, взлохмаченного человека или того, кто постоянно суетится. Таким образом, предок получил прозвище за характер или внешность — либо был непоседой и заводилой, либо неряхой.

В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин, фамилия Халабура сохранила исходную форму слова — так называемый «нулевой» суффикс. По этой модели образованы, например, украинские фамилии Шумейко, Непийвода, а в русском языке — фамилии вроде Журавль, Сокол. Отсутствие суффикса указывает на позднее оформление: такие фамилии часто закреплялись в крестьянской среде в XIX веке, когда паспортная система требовала фиксации прозвищ без изменений. Это отличает Халабуру от фамилий, возникших в XVI–XVII веках среди служилых людей.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и Украине. Наибольшая плотность носителей — в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, а также на востоке Украины. Встречаются варианты написания: Халабура и реже Холобура (с «о» в корне, что отражает акающее произношение). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования не выделены в отдельную группу, но по модели они близки к украинским фамилиям на -а.

Сословная принадлежность предков — скорее всего, однодворцы или государственные крестьяне южных губерний. В ревизских сказках XVIII–XIX веков фамилия встречается у крестьян, реже у мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Если искать однокоренные параллели, то к тому же корню восходят фамилии Халабуров (с суффиксом -ов, «сын Халабуры») и Халабудин (от диалектного «халабуда» — шалаш, лачуга; прозвище могло означать строителя или бедняка).