Фамилия Хамнаев — один из ярких примеров того, как географическая точка становится родовым именем. В её основе лежит не личное имя и не профессия, а конкретный топоним — название реки Хамна, левого притока Витима. Эта река протекает в Забайкалье, на территории современных Бурятии и Забайкальского края. Таким образом, корень фамилии — «хамна» — восходит к эвенкийскому языку, где «хамна» означает «река» или «водный поток». Человек, живший на берегах Хамны или переселившийся оттуда, получал прозвище Хамнай, а его потомки становились Хамнаевыми.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе «Хамна» добавляется тюрко-монгольский суффикс принадлежности «-й» (как в фамилиях Толмачёв, Кузнецов, но в данном случае это не русский суффикс, а заимствованный). Затем оформляется русским патронимическим суффиксом «-ев», который в русской традиции присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». Итог: Хамнай → Хамнаев. Такое сочетание бурятско-эвенкийской основы с русским окончанием типично для фамилий сибирских народов, вошедших в состав Российского государства.

Версия о происхождении от личного имени Хамна (бурятского или монгольского) менее убедительна, так как такое имя не фиксируется в антропонимических словарях. Зато эвенкийская гидронимическая основа — реальный и проверяемый факт: на картах Забайкалья до сих пор обозначены речка Хамна и несколько урочищ с тем же названием. Таким образом, предки современных носителей фамилии Хамнаев — скорее всего, эвенки или буряты, жившие в бассейне Витима, занимавшиеся охотой, рыболовством или оленеводством. Позже, при переходе к оседлости и получении фамилий по русскому образцу, их родовое прозвище закрепилось в документах.

Фамилия редкая, за пределами Бурятии и Иркутской области встречается спорадически. Её носители — это потомки коренных народов Восточной Сибири, сохранившие в своей фамилии память о конкретной реке, а не об абстрактном предке. В этом её отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или ремёсел.