Фамилия Хандагурова — один из тех редких случаев, когда географическое происхождение и этническая основа слова почти очевидны, а суффикс подсказывает социальный статус предка. Разберём её по частям.

Основа «Хандагур» — скорее всего, сложное имя или прозвище тюркского или монгольского происхождения. Первая часть, «хан», в тюркских языках означает «властитель, правитель». Второй компонент может восходить к «даг» (гора) или «тур» (стой, встань) — в таком случае имя-пожелание означало бы «будь как хан-гора» или «стой твердо, как хан». Но более правдоподобна версия, что перед нами видоизменённое имя Хандагар или Хандагур, где «-гур» — это древний суффикс, встречающийся в бурятских и калмыцких именах. В таком случае имя буквально значило «ханский», «принадлежащий хану» или «ханёнок» (уменьшительно-ласкательная форма).

Суффикс «-ов» в окончании фамилии указывает на русскую модель образования. В Забайкалье и Восточной Сибири, где бурятские и тунгусские роды в XVII–XIX веках входили в состав казачества и крестьянства, их имена и прозвища часто русифицировали именно так: добавляли -ов/-ев. Фамилия Хандагуров (а женская форма Хандагурова) — типичный пример такой «ославянившейся» фамилии. Предок носителя, скорее всего, был бурятом, калмыком или представителем другого монголоязычного народа, который нёс службу (казак, стрелец, ясачный человек) или перешёл в крестьянское сословие, после чего его прозвище записали в метрику по русскому образцу.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму: в современных тюркских и монгольских языках такое сочетание звуков встречается редко. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках довольно рано, ещё до того, как исходное имя вышло из обихода. Если сравнить с однокоренными фамилиями (Хандаев, Хандаков, Хандажапов), то Хандагурова стоит особняком именно из-за редкого суффикса «-гур», который может быть остатком древнего родового имени или тотема.

Сегодня фамилия встречается в основном в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае, что полностью подтверждает её восточносибирские корни. Носительницы фамилии могут быть потомками как забайкальских казаков, так и крещёных бурятских родов, принявших православие и вместе с ним русскую фамильную модель.