Фамилия Хандобин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или поведением, а не с профессией или внешностью. Её ядро — древнерусское слово «хандыба» или «хандоба», означавшее вялого, медлительного, нерасторопного человека, а также унылого, склонного к хандре. В говорах встречалось и значение «бездельник», «рохля». Таким образом, родоначальник Хандобиных получил прозвище Хандоба за неторопливость, меланхоличный нрав или даже за то, что его считали «кисляем».

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Хандобы». Это типичный патроним от прозвища, характерный для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов/-ев. Фамилия встречается в основном в архангельских, вологодских, костромских и ярославских землях — именно там лексика с корнем «ханд-» была особенно живуча.

Любопытно, что слово «хандыба» могло иметь и ироничный оттенок: так могли дразнить человека, который вечно «квелый», но при этом не злобный. В отличие от резких прозвищ вроде «Злыдень», «Хандоба» — скорее добродушное подшучивание. В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века: в переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди Хандобины из Тотьмы и Устюга Великого.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от тюркского имени Хан-Дау (хан и счастье/богатство). Однако она разбивается о простой факт — в русских говорах слово «хандоба» задокументировано, а типичный для тюркских заимствований суффикс -ов (Хандауов) заменён на -ин. Скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище, а не адаптированное восточное имя.

В XIX веке Хандобины — преимущественно государственные крестьяне и мещане. Дворянских ветвей с этой фамилией не зафиксировано, что лишний раз подтверждает её простонародное, прозвищное происхождение. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселялись архангельские и вологодские крестьяне.