Фамилия Хандоин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — не привычное русское имя или распространённое ремесло, а скорее всего, прозвище, образованное от глагола «хандырить» или существительного «хандырь». В южнорусских и украинских говорах «хандырить» означает «шататься без дела, слоняться», а «хандырь» — это бездельник, праздный человек. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище Хандоя за ленивый или бесцельный образ жизни.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Хандоин, то есть сын или потомок Хандои. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я. Географически фамилия встречается преимущественно в южных регионах России и на Украине, что подтверждает её диалектную основу — глагол «хандырить» распространён именно там.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «хан» — «правитель, владыка». Если допустить, что исходная форма звучала как Хандоян или Хандоин с ударением на последний слог, то это мог быть вариант фамилии, образованной от имени Хандоя — уменьшительной формы от Хандан или Хандулла. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, суффикс -ин в тюркских фамилиях встречается редко, во-вторых, распространение фамилии в русскоязычной среде без выраженной восточной географии делает версию с прозвищем более правдоподобной.

Стоит обратить внимание на написание: фамилия Хандоин не путается с более известной Хандоян — армянской фамилией с окончанием -ян. В русском языке безударное окончание -ин могло возникнуть из-за адаптации иноязычной основы, но в данном случае, учитывая глагольную природу слова, скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище, которое закрепилось в документах именно в такой форме.