Фамилия Хандогина образована от прозвища Хандога, которое восходит к аналогичному нарицательному. Западнославянское слово «хандога» означает «опрятный, чистоплотный человек». Таким образом, можно предположить, что прозвище Хандога указывает на особенности внешности и поведения предка: основатель рода Хандогиных, вероятно, отличался любовью к чистоте и аккуратности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хандога, со временем получил фамилию Хандогина.