Фамилия Хандога представляет собой застывшую форму прозвища, которое восходит к аналогичному нарицательному. Западнославянское слово «хандога» означает «опрятный, чистоплотный человек». Таким образом, можно предположить, что прозвище Хандога указывает на особенности внешности и поведения предка: основатель рода Хандога, вероятно, отличался любовью к чистоте и аккуратности.