Фамилия Ханис — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с этническим и языковым пограничьем. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, фамилия Ханис не имеет славянского суффикса, указывающего на принадлежность («чей?»). Это говорит о том, что она пришла в русскую среду в готовом виде, скорее всего, из тюркских или арабских языков, через посредничество народов Поволжья, Кавказа или Крыма.

Наиболее вероятная основа — арабское имя Ханис (خانيس), которое восходит к корню «х-н-с», означающему «прятаться», «отступать» или «быть скрытым». В мусульманском именослове это имя не было широко распространённым, но встречалось как личное, а затем перешло в фамилию у татар, башкир, народов Дагестана или крымских татар. В тюркской среде фамилия могла закрепиться и без изменений, так как многие тюркские языки не требуют добавления русского патронимического суффикса для фамилии — достаточно самого имени.

Другая, менее вероятная версия связывает Ханис с немецкой фамилией Hahnis или Hähnis, которая могла попасть в Россию вместе с поволжскими немцами. В этом случае основа — диалектное немецкое слово, означающее «петух» или производное от личного имени Hans. Однако для немецкой фамилии более типично окончание -с, а не -ис, и встречается она редко, поэтому арабско-тюркская версия выглядит убедительнее.

В русских документах фамилия Ханис фиксируется с XIX века, преимущественно в южных губерниях и в местах компактного проживания татарского или тюркоязычного населения. Носители фамилии могли быть торговцами, ремесленниками или крестьянами, а само имя-основа не указывает на сословие — скорее на личное качество или прозвище предка. Сегодня Ханис остаётся малочисленной фамилией, и её носители часто затрудняются с определением корней, путая её с более известной фамилией Ханис (от греческого имени Харис).