Фамилия Хапкин образована от прозвища Хапка — так в русских говорах называли хваткого, ловкого человека, умеющего быстро и незаметно взять своё. Глагол «хапать» означал хватать, захватывать, брать без спросу. Прозвище Хапка, скорее всего, давали человеку с цепкой хваткой — не обязательно вороватому, но тому, кто не упускал выгоды, быстро ориентировался в ситуации. В некоторых диалектах «хапка» — ещё и название горсти, пригоршни, так что возможен и намёк на жадность или на физическую силу рук.

Модель образования простая: к основе Хапк- добавили патронимический суффикс -ин, типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». Хапкин — буквально «сын Хапки». Фамилия относится к распространённому типу на -ин, который в центральной России и на севере нередко вытеснял фамилии на -ов, если основа оканчивалась на -а или -я.

В отличие от более частых Хаповых и Хапиловых, Хапкин встречается реже. В дореволюционных источниках её можно найти в основном среди крестьян и мещан центральных губерний — Тульской, Рязанской, Калужской. Там прозвища от «хапать» были особенно употребительны в бытовой речи. Встречается также вариант Хапков, но он менее характерен: суффикс -ов чаще присоединяли к основам на твёрдый согласный, а Хапка даёт именно -ин.

Спорных версий у фамилии практически нет. Иногда её пытаются связать с тюркскими корнями (например, от «хап» — «хватать» в переносном смысле), но для этого нет убедительных лингвистических оснований: слово «хапать» — исконно русское, общеславянское, зафиксированное в памятниках с XVI века. Так что Хапкины — потомки человека, которого в деревне прозвали за проворство или цепкость.