Фамилия Харабардина — женская форма от Харабардин, и её разумнее всего разбирать наоборот: не от «корня», а от суффикса. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Харабардин — сын Харабарды. Значит, основа фамилии — прозвище Харабарда. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Харабарди́н, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Прозвище Харабарда звучит не по-русски, и это главная загадка. В нём отчётливо слышится тюркский или кавказский след. Сравните с осетинским «хæрæг» (осёл) или с карачаево-балкарским «хара» (чёрный). Но самая вероятная версия — связь с тюркским словом «кара» (чёрный) и «барда» (есть, имеется) или «барды» (был). В буквальном переводе Карабарды — «черный был» или «чёрный есть». Так могли прозвать человека за смуглую кожу, тёмные волосы или за мрачный нрав. Переход «кара» в «хара» — обычное дело в южнорусских говорах, где начальное «к» смягчается или оглушается.

Вторая версия, менее надёжная, выводит прозвище из диалектного глагола «харабариться» — шуметь, скандалить. В этом случае Харабарда — шумный, неуживчивый человек. Но глагол редок и локально ограничен, а тюркская основа выглядит убедительнее.

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Харабардины встречаются в Ростовской области, в Краснодарском крае и в Ставрополье — то есть в зоне активных контактов с тюркскими и кавказскими народами. Это косвенно подтверждает версию о тюркском прозвище. Сословно предки, скорее всего, были казаками или крестьянами юга России, получившими фамилию по уличному прозвищу, а не по имени отца.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет. Можно вспомнить разве что Харабаров (от «харабар» — взятка, барыш), но это другая основа. Харабардина стоит особняком — редкая, звонкая и с явным восточным акцентом.