Фамилия Харабаркин — один из тех случаев, когда корень слова не бросается в глаза и не лежит на поверхности. В ней отчетливо слышен суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «Харабаркин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Харабарка. Основа же — «харабара» — звучит как нечто несерьёзное, путаное или болтливое. В русских говорах слово «харабара» (или «хары-бары») означало пустые разговоры, вздор, бестолковую суету. Отсюда прозвище Харабарка могли дать человеку болтливому, любящему поговорить без дела, или тому, кто постоянно суетится без толка.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища часто давали по заметной черте характера или поведению. Суффикс -к- в основе (Харабар-к-а) характерен для прозвищ, которые затем становились фамилиями: от него образованы многие русские фамилии (Скоробогаткин, Молчанкин). Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение — «харабара» более употребительно в южнорусских и украинских говорах.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, где «хара» (чёрный) и «бара» (идёт, есть) могли бы сложиться в прозвище вроде «чёрный идущий», но для этого нет убедительных лингвистических оснований: сочетание звучит искусственно, а фамилия чётко вписывается в русскую словообразовательную модель. Так что основная версия — от прозвища по характеру, с типичным русским суффиксом принадлежности.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Харабаркин стоит в одном ряду с Харабаровым, Харабаревым, Харабурдиным — все они восходят к той же диалектной основе с оттенком суеты или болтовни. Отличие Харабаркина в суффиксе -ин, который в русской ономастике часто встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В итоге фамилия не указывает на профессию или место жительства, а прямо говорит об одном из предков: он был человеком, которого за глаза называли Харабаркой — за словоохотливость или суетливый нрав.