Фамилия Харитоненков напрямую отвечает на вопрос «чей вы будете?» — она указывает на потомка человека по имени Харитон. В основе лежит крестильное мужское имя Харитон, которое пришло на Русь вместе с православием из Византии. В переводе с древнегреческого это имя означает «щедрый», «осыпающий милостями», что в народном сознании закрепилось за человеком добрым и не скупым.

Разбирая словообразовательную модель, мы видим редкую и интересную цепочку: к имени Харитон последовательно добавились два суффикса — сначала уменьшительный -енк-, а затем притяжательный -ов. Такой «двойной» суффикс встречается реже, чем простое -ов или -ин. Первый суффикс, -енк-, в древнерусском языке часто имел уничижительное или, наоборот, ласкательное значение, но в данном случае он сыграл роль связующего звена. Второй суффикс, -ов, уже напрямую указывает на принадлежность: «сын Харитоненка». Иными словами, сначала существовало прозвище или полуотчество Харитоненок — так звали сына Харитона, а уже от этого имени образовалась фамилия для следующих поколений.

Любопытно, что такая модель с суффиксом -енков характерна для южнорусских и украинских территорий, где форма отчества на -енко была широко распространена. При переходе в великорусскую среду или при оформлении официальных документов к этой форме добавили конечное -в, чтобы фамилия звучала по-русски, в духе северных фамилий на -ов. Поэтому Харитоненков — это своего рода гибрид: южный корень с северным окончанием.

Ономастические справочники, в частности работы Б. Унбегауна, отмечают, что фамилии на -енков и -енко часто имеют параллельные варианты в одном и том же роду. Так и здесь: родственные фамилии Харитоненко, Харитонов, Харитонцев, Харитонович произошли от одного и того же имени, но по разным словообразовательным путям. Харитонов — самая простая форма, «сын Харитона». Харитоненко — украинская форма отчества. А Харитоненков — это уже результат адаптации украинской формы к русской фамильной системе.

Имя Харитон не было редким на Руси, его носили крестьяне, купцы и духовенство. Однако стоит отметить, что в истории известен знаменитый род Харитоненко — украинских сахаропромышленников и меценатов, но к фамилии Харитоненков они прямого отношения не имеют, поскольку их фамилия осталась в исходной украинской форме. Носители же фамилии Харитоненков, скорее всего, происходят из среды крестьян или однодворцев южных губерний Российской империи, где такие «двойные» фамилии встречались особенно часто.

Таким образом, фамилия Харитоненков — это не просто указание на предка по имени Харитон, а живое свидетельство сложных миграционных и языковых процессов, когда украинская традиция именования органично вплелась в русскую фамильную систему.