Фамилия Харитоненко — типичный пример украинской семейной ономастики, образованный напрямую от крестильного имени Харитон. В переводе с греческого это имя означает «щедрый», «благостный» или «радостный», поэтому буквальное прочтение фамилии — «сын Харитона». Модель с суффиксом -енко на восточноукраинских землях веками работала как главный маркер родства: так фиксировали прямого наследника по мужской линии, и со временем это отчество закрепилось за потомками как постоянный родовой знак.

Имя Харитон в православных святцах связано с раннехристианским мучеником, но в народной среде оно не воспринималось как книжное или редкое. Напротив, его носили достаточно часто, чтобы породить целое гнездо однокоренных фамилий: Харитонов, Харитоненков, Харитончик, Харитонюк. Украинский вариант на -енко выделяется на их фоне тем, что изначально указывал не просто на принадлежность роду, а на конкретного отца — сына Харитона. Позже, когда фамилия устоялась, связь с личным именем стерлась, и она стала восприниматься как самостоятельная, но историческая прозрачность сохранилась до сих пор.

Географически фамилия тяготеет к Слобожанщине и югу России, куда украинские переселенцы активно мигрировали с XVII века. Именно в этих регионах фамилия получила распространение за пределами Украины, а после реформ паспортизации XIX века окончательно закрепилась в документах. Стоит заметить, что в русской среде фамилию часто переделывали на свой лад — Харитоненков, добавляя русский суффикс -ов к уже готовой основе, что создавало двойную словообразовательную конструкцию, но не меняло исходного смысла.

Самая известная ветвь рода — харьковские промышленники и меценаты, которые в XIX — начале XX века владели сахарными заводами и оставили заметный след в культурной жизни. Однако не стоит сводить фамилию только к этой династии: для большинства носителей она восходит к обычным крестьянам или казакам, чьи предки носили имя Харитон и передали его детям в качестве родового определения. Сегодня Харитоненко встречается и в России, и в Украине, и в диаспоре, сохраняя в своей форме память о давнем греческом корне, который через церковный календарь попал в восточнославянский именослов.