Фамилия Харитоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Харитон. Крестильное мужское имя Харитон в переводе с греческого означает «щедрый», «благостный, радостный». Поэтому Харитоненко буквально понималось как «сын Харитона».