Фамилия Харитонина — женская форма фамилии Харитонин, а та, в свою очередь, образована от имени Харитон. В основе лежит каноническое мужское имя Харитон (от греческого charis — «милость», «благодать»). Суффикс -ин указывает на модель образования: «чей?» — «сын Харитона» или «человек из семьи Харитона». Это типичная «патронимическая» фамилия, одна из самых распространенных в русском языке, но с редким корнем: имя Харитон встречалось не так часто, как Иван или Пётр.

Словообразовательная модель проста: к основе имени (Харитон-) прибавили суффикс принадлежности -ин. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Харито́нина, хотя в разговорной речи возможны варианты. Интересно, что фамилия Харитонин (и её женская форма) могла возникнуть не только от полного имени, но и от его уменьшительных вариантов — Харитоня, Харитоша. Однако суффикс -ин чаще присоединяли именно к полной форме, в отличие от суффикса -ов, который мог оформлять прозвища.

По сословной принадлежности предки Харитониных, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянской среде фамилии на -ин тоже встречались, но реже и обычно от имён на -а/-я (Гаврила → Гаврилин). Учитывая, что имя Харитон в XIX веке было распространено преимущественно в простонародье, можно предположить, что родоначальник был крепостным или государственным крестьянином из центральной России или Поволжья.

Географически фамилия Харитонина встречается неравномерно. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, наибольшая концентрация носителей — в Нижегородской, Кировской областях и в Пермском крае. Это совпадает с зонами позднего заселения, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных губерний. Встречается также в Сибири, но реже.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт любопытный результат. Харитонов — более массовая форма, она образована по модели «чей?» от имени, но с суффиксом -ов (Харитонов). Харитонин — вариант, который мог закрепиться, если имя отца было в форме Харитоня или если в говоре преобладала модель на -ин. Обе фамилии существовали параллельно, и различие между ними — не ошибка писаря, а следствие местной традиции словообразования.