Фамилия Харитонин — одна из тех, что образована напрямую от крестильного имени, но с нетипичным суффиксом. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, где суффикс -ов, здесь мы видим -ин. Это указывает на модель «чей?»: Харитонин — значит «сын Харитона» или «человек из семьи Харитона». Суффикс -ин в русских фамилиях обычно прикреплялся к основам на -а, -я (Ильин, Фомин), но закрепился и за некоторыми мужскими именами, оканчивающимися на согласный, особенно если имя было распространено в простонародной среде. Харитон — греческое имя Χαρίτων (Харитон), означающее «щедрый», «милостивый», «преисполненный благодати». В святцах оно встречается, но не было столь популярным, как Иван или Николай, поэтому фамилия Харитонин встречается реже.

Интересно, что по словообразовательной логике более ожидаемой была бы форма Харитонов — по модели «Сергей — Сергеев». Однако Харитонин закрепился, и это может говорить о региональных или диалектных особенностях. В некоторых областях России суффикс -ин могли присоединять к любым именам, чтобы подчеркнуть принадлежность к конкретному человеку, а не к роду. Например, в северных и сибирских говорах фамилии на -ин от мужских имён на согласный встречаются чаще, чем на юге. Возможна и другая версия: основа могла быть не от полного имени Харитон, а от его обиходной формы — Харитоня или Харитина, где конечное -а естественно требовало суффикса -ин. В таком случае фамилия означает «сын Харитони», то есть женщины по имени Харитина (женская форма от Харитон). Такое случалось, если мать была вдовой или главой семьи, но для XIX века это редкость.

Сословно фамилия Харитонин, скорее всего, принадлежала крестьянам или мещанам. Дворянские фамилии чаще оформлялись через -ов и -ев, а -ин в этой роли встречался, но реже. В документах переписей XVIII–XIX веков Харитонины встречаются в центральных губерниях России, особенно в Тверской, Ярославской и Костромской. Там имя Харитон было в ходу, и от него активно образовывали фамилии именно с суффиксом -ин. Если искать однокоренные фамилии, то Харитонов встречается в разы чаще, а Харитонин — более локальный вариант, который мог возникнуть независимо в нескольких деревнях.

Сегодня фамилия Харитонин остаётся редкой. Она не даёт однозначного ответа о конкретном ремесле или прозвище предка, но чётко указывает на имя основателя рода — Харитона, человека, которого в округе знали как щедрого или милостивого. Для носителя фамилии это прямая нить к крестьянскому быту и церковной традиции, без примеси служилого или купеческого сословия.