Фамилия Харитонский — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: она образована от полного церковного имени Харитон. В основе лежит греческое имя Χαρίτων (Харитон), которое означает «милостивый», «щедрый», «дарующий радость». В святцах это имя связано с несколькими раннехристианскими святыми, самым известным из которых был преподобный Харитон Исповедник, основатель нескольких палестинских монастырей. На Руси имя Харитон было распространённым, но не таким частым, как Иван или Пётр, поэтому и фамилии от него встречаются реже.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ский. Он указывает на дворянское или шляхетское происхождение, особенно в западных и юго-западных землях Российской империи (современные Украина, Беларусь, Польша). Если бы фамилия была образована по великорусской модели, мы бы имели дело с Харитоновым или Харитониным. Харитонский же — это типичная семинарская или панская фамилия. В духовных училищах и семинариях ученикам часто давали фамилии по имени святого с добавлением -ский, чтобы звучало «благороднее» и отличалось от крестьянских. Поэтому первый и самый вероятный вариант: предок носителя был семинаристом или священником, которому дали фамилию при поступлении в училище.

Однако есть и вторая, более редкая версия. В польско-литовской традиции суффикс -ский мог присоединяться к названию имения или местечка. Теоретически могло существовать село или хутор Харитоны (по имени владельца), откуда пошла фамилия Харитонский — «тот, кто из Харитонов». Но письменных подтверждений такому топониму нет, а вот семинарская версия подтверждается массовостью модели: множество фамилий на -ский в духовном сословии образованы именно от имён святых (например, Георгиевский, Алексеевский, Никольский). Так что Харитонский — почти наверняка фамилия выходца из духовенства.

Встречается она нечасто, в основном в центральных губерниях России и на территории бывшей Малороссии. Написание с двойным «н» (Харитоннский) — ошибка, правильный вариант с одной буквой «н», так как основа имени заканчивается на «н», а суффикс -ский даёт одно «н». Носителям фамилии стоит помнить: их предки, скорее всего, были людьми книжными и грамотными, связанными с церковью, а сама фамилия — искусственное образование, призванное подчеркнуть связь с христианским именем, а не с ремеслом или прозвищем.