Фамилия Харитоненкова образована от крестильного имени Харитон. В переводе с греческого «харитон» означает «милость», «благодать», а имя Харитон — «щедрый», «милостивый». Это имя было широко распространено на Руси, и от него возникло множество фамилий: Харитонов, Харитоненко, Харитонович, Харитоновский. Но форма Харитоненкова стоит особняком: она указывает на украинское или южнорусское происхождение.

Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых частых. Он обозначал сына, потомка или ученика: Харитоненко — «сын Харитона». Однако конечное -а в фамилии Харитоненкова превращает её в женскую форму. Это значит, что перед нами не мужская фамилия в базовом виде, а её вариант, закрепившийся за женщиной. В русской традиции фамилии на -енко обычно не склоняются и не меняют окончания по полу, но в некоторых регионах, особенно на юге России и в Украине, женскую форму могли образовывать при помощи -а: Харитоненко → Харитоненкова. Такая модель встречается реже, чем стандартная, и говорит о том, что носительница фамилии, скорее всего, происходит из среды, где фамилии на -енко ещё не устоялись как неизменяемые, или из мест, где женская форма считалась более естественной в быту.

Географически фамилия Харитоненкова тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к востоку Украины — Слобожанщине. В этих краях фамилии на -енко были типичны для крестьян и казаков, а не для дворянства. Предок носительницы этой фамилии мог быть простым земледельцем или ремесленником, получившим прозвище или отчество по отцу — Харитону. В отличие от фамилии Харитонов, которая встречается повсеместно, Харитоненкова — более редкий и локальный вариант, сохранивший связь с конкретным регионом и его диалектными особенностями.

С точки зрения словообразования, интересно, что суффикс -енков- здесь работает как двойной: сначала -енко (указание на сына), а затем -а (женский род). Такая цепочка встречается нечасто и делает фамилию Харитоненкова не просто производной от имени, а свидетельством гибкости фамильной системы, где пол носителя мог влиять на форму даже в XIX веке.