Фамилия Харлапина в её исходной, мужской форме — Харлапин — образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Харлапин означает «сын Харлапа» или «человек из рода Харлапа». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Харлап.

Ключ к происхождению лежит в диалектной лексике северных и центральных областей России. В архангельских, вологодских и вятских говорах «харлап» — это не просто слово, а целый комплекс значений, объединённых общей характеристикой: «горластый, крикливый, беспокойный человек». Слово происходит от «харло» (горло, глотка) и родственно «харкать», «харчать». Таким образом, первый носитель прозвища Харлап, скорее всего, был обладателем громкого голоса, любил поспорить или просто отличался шумным нравом. В некоторых говорах «харлап» могло означать и «оборванец, неопрятный человек», что добавляет вторую, менее вероятную, но возможную версию.

С точки зрения словообразования интересно, что прозвище Харлап стоит в ряду таких же «горловых» прозвищ, как Горлан, Крикун, Глот. Но в отличие от них, Харлап сохранило яркую диалектную окраску и не стало общеупотребительным. Это делает фамилию Харлапин географически привязанной: её корни — в северорусском регионе, где подобная лексика была в ходу. Встречаются и варианты написания через «о» — Харлопин, что подтверждает характерное для северных говоров аканье или, наоборот, фиксацию местного произношения писцами.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых. Её носители — выходцы из крестьянской или посадской среды, где прозвища давались по ярким, заметным чертам характера или внешности. В метрических книгах XIX века Харлапины встречаются в основном в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях, что полностью подтверждает диалектную версию происхождения. Таким образом, фамилия Харлапина — это не загадка, а живое свидетельство того, как меткое народное слово, описывающее человека, закрепилось за целым родом.