Фамилия Харлапин — редкий случай, когда суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Модель образования здесь нестандартная: основа Харлап- плюс фамильный суффикс -ин. Обычно -ин присоединяют к основам на -а/-я (сын Гаврилы — Гаврилин, сын Ильи — Ильин). Если бы фамилия образовалась напрямую от имени Харлампий (народное Харлам), мы бы ожидали форму Харламов или Харлампиев. Но здесь — Харлапин, что заставляет искать другое исходное слово.

Самая правдоподобная версия — прозвище Харлап. В русских говорах «харлап» или «хорлап» — неодобрительное название крикливого, горластого человека, горлопана. Слово звукоподражательное, того же корня, что «харкать», «хрипеть». Прозвище давали не за красоту, а за манеру говорить громко и резко. В документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Харлап, Харлапка, Харлапко — это была живая, хоть и неласковая, характеристика человека. От такого прозвища и пошёл Харлапин: «сын Харлапа». Суффикс -ин здесь работает по правилу: раз прозвище оканчивается на твёрдый согласный (Харлап), то и фамилия будет на -ин.

Есть и более редкая версия — связь с тюркским именем Харлап, которое могло попасть в русскую среду через татар. Но она слабее: во-первых, такого имени в известных тюркских именословах нет, во-вторых, прозвищная версия объясняет и географию, и морфологию без натяжек.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям — Курской, Воронежской, Тамбовской. В этих краях слово «харлап» в значении «крикун» было в ходу, и крестьянам, получившим такое прозвище, при переписях записывали фамилию по отцу: Харлапин. Среди дворянства эта фамилия не встречается — это однозначно крестьянская или мещанская модель, без родового герба и столбового дворянства.

Коротко: предок носителя фамилии Харлапин — человек, которого в деревне прозвали Харлапом за громкий голос или вздорный нрав. Фамилия не книжная, не искусственная, а бытовая, живая — из тех, что рассказывают о характере предка больше, чем любая метрика.