Фамилия Хайдаршиков — редкий случай, где арабское имя, тюркская модель образования и русский патронимический суффикс встретились в одной словоформе. Основа здесь — мужское имя Хайдарша (Хайдар-ша), которое распадается на два компонента. Первый, Хайдар, восходит к арабскому «хайдар» — лев, один из эпитетов халифа Али, почитаемого в исламе. Второй, -ша, — сокращение от персидского «шах» (царь, государь). В среде татар и башкир такие составные имена (Хайдарша, Ахметша, Исламша) были распространены: вторая часть подчёркивала достоинство или знатность, пусть и условную.

Фамилия образована по русской модели: к основе Хайдарш- добавили суффикс -ик (уменьшительный, он же указывал на принадлежность младшему в роду или человеку с таким прозвищем), а затем — стандартный -ов. Получается цепочка: Хайдарша → Хайдаршик (сын или потомок Хайдарши) → Хайдаршиков. В русской ономастике суффикс -ик- в фамилиях встречается реже, чем -ин- или -ов-, и часто указывает на восточное происхождение основы: ср. Ахметшиков, Исламшиков, где -ик- выполняет ту же роль.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. Носители, скорее всего, потомки служилых татар или башкир, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по имени отца при переходе в сословие государственных крестьян или мещан. Дворянских корней у этой фамилии нет: составное имя Хайдарша не фиксируется в родословных книгах, а суффикс -иков типичен для непривилегированных слоёв.

В написании возможна путаница: вариант «Хайдаршиков» (через «и») — нормативный, но в дореволюционных записях встречается «Хайдарщиков» (от «Хайдарщик»), что связано с диалектной заменой шипящих в урало-поволжских говорах. Это не отдельная фамилия, а фонетическая вариация.