Фамилия Хайдиков — редкий случай в русском ономастиконе, где иноземная основа «приросла» типичным русским суффиксом -ов. Если бы фамилия оканчивалась на -ев (Хайдикев), можно было бы подозревать основу на мягкий согласный или «ц», но окончание -ов указывает на твердую основу: Хайдик. Первое, что бросается в глаза, — это корень «хайд-», который совершенно не характерен для славянских языков. В русских говорах нет слова «хайда» или «хайдик» в значении предмета, животного или действия. Это почти наверняка указывает на заимствование.

Скорее всего, в основе лежит немецкая или еврейская (ашкеназская) фамилия Хайд (Heid, Haid) или Хайди (Heidi). В немецком языке «die Heide» — это пустошь, вересковая степь, а также язычник. Фамилия Хайд распространена в Германии и Австрии. Когда носитель такой фамилии попадал в русскоязычную среду (например, в Поволжье, Причерноморье или в городах Российской империи), его могли называть на русский манер: «Хайдик» (уменьшительно-пренебрежительная форма) или «Хайд». А затем от этого прозвища и образовали фамилию Хайдиков — «чей?» — сын Хайдика. Модель типичная: немец Петерс становился Петерсовым, а Хайд — Хайдиковым.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «хайда» означает «вперед», «погоняй» (отсюда русское междометие «айда!»). Тогда «Хайдик» могло быть прозвищем загонщика, погонщика или просто торопливого человека. Однако эта версия слабее: суффикс -ик в тюркских заимствованиях встречается редко, а фамилии на -ов от таких основ обычно выглядят как Хайдаков, а не Хайдиков.

Географически фамилия Хайдиков крайне редка. По открытым данным, она встречается единично в Ростовской области, Краснодарском крае и на юге Урала — как раз в зонах активного переселения немецких колонистов в XVIII–XIX веках. Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или мещанским: дворянские немецкие фамилии обычно не русифицировали так просто, а оставляли в оригинале (фон Хайд, Хайденрейх). Хайдиковы — это потомки тех, кого в документах записали «на слух», по прозвищу, которое дали односельчане.