Фамилия Хлоптунова — женская форма фамилии Хлоптунов, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище Хлоптун, которое в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с характером, поведением или звуком.

Слово «хлопать» в старину означало не только хлопать в ладоши или дверью, но и болтать, пустословить, а также издавать резкие звуки. Соответственно, Хлоптуном могли прозвать человека шумного, неспокойного, любящего поспорить или того, кто постоянно «хлопает» — например, громко топает или хлопает калиткой. В некоторых диалектах «хлоптун» — это ещё и вид птицы, возможно, дергача или коростеля, который издаёт характерный треск. Если прозвище дали по птице, предок мог быть охотником или просто обладать схожей манерой поведения — суетливый, крикливый.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Хлоптуна). Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давались по ярким внешним или поведенческим чертам. Интересно, что фамилия Хлоптунов (и Хлоптунова) встречается преимущественно в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Кировской, Архангельской областях, что подтверждает её диалектную основу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с глаголом «хлопотать» — то есть быть хлопотливым, заботливым человеком. Но фонетически слово «хлоптун» отличается от «хлопотуна» (через -о-), и скорее всего, это самостоятельное прозвище от звукоподражательного корня. В любом случае, фамилия Хлоптунова несёт отпечаток живого, подвижного характера предка — не тихони и не молчуна.