Фамилия Хлоптунов — наглядный пример того, как русская ономастика сохранила звучание «живого» прозвища, а не книжного или церковного имени. Её основа — глагол «хлопать» (ударять, бить, издавать резкий звук), а суффикс -ун указывает на деятеля: хлоптун — это тот, кто хлопает, делает хлопки. Такие прозвища в древности давали людям по характерному действию или привычке — например, за шумное поведение, за манеру громко хлопать дверьми или за работу, связанную с хлопаньем (например, в кузнечном или плотницком деле).

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ун (Хлоптун) обрастало патронимическим суффиксом -ов, превращаясь в фамилию, которая буквально значила «сын Хлоптуна». В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) такие фамилии относят к группе «профессионально-бытовых», но здесь скорее личностная характеристика, чем ремесло. Впрочем, не исключено, что прозвище закрепилось за человеком, который в шутку или всерьёз «хлопотал» — в диалектах слово «хлоптун» могло означать и суетливого, беспокойного человека (от «хлопотать»). Эта версия менее вероятна фонетически, но не лишена оснований: в некоторых говорах «хлопотун» и «хлоптун» могли смешиваться.

Географически фамилия редкая, сконцентрирована в основном на Урале и в Сибири — в зоне позднего заселения, где активно записывали прозвища «с голоса», без оглядки на церковные святцы. В переписях XVII–XVIII веков Хлоптуновы могли встречаться среди крестьян и посадских людей, но документальных подтверждений дворянского происхождения нет. Сравните с однокоренными фамилиями: Хлопов (от «хлоп» — удар), Хлопушин (от «хлопуша» — хлопушка, трещотка), Хлопотов (от «хлопоты»). Хлоптунов стоит особняком — он звучит динамичнее, даже энергичнее, будто за ним стоит живой человек, которого слышно издалека.