Фамилия Хлопунов образована от прозвища Хлопун. Оно восходит к глаголу «хлопать» со значением «по чему-то бить, колотить, ударить, шлепать плашмя и с шумом, звонко». В старину под существительным «хлопун» подразумевали болтуна, пересказчика. Вероятно, прозвище Хлопун указывает на особенности характера и поведения его обладателя. Так могли назвать общительного и разговорчивого человека, обладавшего богатым воображением и красивой речью. В ряде диалектов именованием «хлопун» означало «бахвал». В таком случае, Хлопуном могли назвать того, кто любил хвалиться своими достоинствами. Не исключено также, что прозвище Хлопун происходит от существительного «хлопень», означающее «хлопок, клок пеньки или льна». В таком случае, именование Хлопун может относится к профессиональным и указывать на род деятельности человека. Так могли назвать того, кто занимался изготовлением пряжи или ткани из хлопка на продажу. Так и прозвище Хлопун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Хлопунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хлопун, со временем получил фамилию Хлопунов.