Фамилия Хлустикова происходит от мужской формы Хлустиков. Это типичная «отцовская» фамилия, образованная по модели «чей?» — с суффиксом -ов. Основа — прозвище Хлуст. В разговорном русском языке и диалектах слово «хлуст» означало «хлыст», «прут», «розга». Прозвище Хлуст мог получить человек сухощавый, высокий и тонкий, напоминающий прут, либо, напротив, тот, кто часто пускал в ход хлыст — например, пастух или строгий наставник. В некоторых говорах «хлустом» называли также повесу или озорника, так что прозвище могло относиться к человеку бойкого, неспокойного нрава.

Ударение в исходном прозвище падает на первый слог: Хлуст. Отсюда и фамильное ударение: Хлу́стиков, а не Хлустико́в. Это важно для правильного произношения и отличает фамилию от тех, что образованы от основ с другим ударением.

Географически фамилия Хлустиков (и её женская форма Хлустикова) наиболее характерна для центральных и северных регионов России. Встречается она в старых писцовых книгах и ревизских сказках, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях. В этих краях слово «хлуст» было в ходу, а прозвища по внешним чертам или поведению давали часто.

Можно с осторожностью предположить, что предок носителя фамилии не был знатного рода. Фамилии на -ов от прозвищ, а не от крестильных имён, чаще возникали в среде крестьян и посадских людей. Редкость фамилии — дополнительный аргумент в пользу её локального, диалектного происхождения: она не стала массовой, а закрепилась в нескольких семейных ветвях.

В написании путаница почти исключена: «хлуст» не путают с «хлыст» из-за разного произношения и значения, хотя в некоторых говорах эти слова могли быть вариантами. Фамилия сохранила архаичную огласовку, что делает её интересным объектом для диалектологов.