Фамилия Ходатай — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а социальная роль, закреплённая в древнерусском праве. В отличие от более привычных Ходатаевых или Ходатайкиных, эта фамилия сохранила исходную форму слова без суффикса -ов/-ев, что указывает на её относительно позднее и, вероятно, нерусское по происхождению оформление — либо украинское, либо белорусское. В этих языках фамилии без типичного русского суффикса встречаются чаще.

Корень слова — древнерусское «ходатай», то есть тот, кто ходатайствует, просит, заступается за кого-то, ведёт чужие дела. В Московской Руси так называли не просто просителя, а официальное лицо: выборного или назначенного представителя от общины, который бил челом перед князем или в приказе. Была даже поговорка: «За спором ходатай, за хлебом — сам». То есть предок носителя фамилии с высокой вероятностью был ходоком по чужим делам — человеком, умевшим говорить, убеждать и составлять челобитные.

Есть и вторая, бытовая версия: «ходатай» как прозвище для словоохотливого, навязчивого просителя, который постоянно за кого-то просит или лезет не в своё дело. Но в ономастике принято исходить из первичного, профессионального значения, а не из отрицательной коннотации, которая могла появиться позже.

Фамилия встречается в основном в западных областях России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её происхождение от прозвища, а не от искусственного семинарского образования (такие фамилии на -ский обычно выдают духовное сословие). Ходатай — это не про книжную учёность, а про земскую практику. В русских переписных книгах XVII века ходатаи упоминаются как особая категория тяглецов, освобождённых от некоторых повинностей ради «государева дела» — то есть фамилия могла закрепиться за целым родом, который традиционно занимался этим промыслом.