Фамилия Ходенко образована по распространенной в украинской и белорусской антропонимии модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVII веках был показателем патронима, то есть «сына такого-то», и со временем закрепился как фамильный. Основа фамилии — прозвище или имя Ход, Ходь, Ходо.

Корень «ход» многозначен. Самое прямое объяснение: прозвище Ход мог получить человек, который много ходил, был ходоком, скороходом или, наоборот, медлительным, «ходким» в значении «подвижный». В украинских говорах «хід» означает «походка», «поступь», а «ходень» — ходьба. Менее очевидная, но возможная версия: Ход — сокращение от крестильного имени Ходота (от греческого «путь, дорога»), которое встречалось в святцах, но было редким. В таком случае фамилия Ходенко — это «сын Ходоты».

Стоит обратить внимание на географию. Фамилия Ходенко типична для левобережной Украины, особенно Полтавщины и Черниговщины, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий у казачества и крестьян. В этих краях прозвище Ход могло быть связано не только с ходьбой, но и с «ходом» как военным походом или переходом — в казачьей среде слово «ход» означало и рейд, и путь.

Менее вероятна связь с польским «chód» (ходьба, походка) или литовским «kodėti» (стучать, топать) — фамилия явно восточнославянская, и её суффикс указывает на украинское или белорусское происхождение. Варианты Ходенко и Ходько (с другим суффиксом) — однокоренные и встречаются в тех же регионах.

Таким образом, предок современных Ходенко с высокой вероятностью был человеком, которого окружающие выделили по манере ходить, по роду занятий (ходок, посыльный) или по имени Ходота. Фамилия не дворянская, а народная, и её носители в большинстве относились к казацкому или крестьянскому сословию.