Фамилия Ходушко звучит скорее по-украински или по-белорусски, чем по-великорусски. Выдает её суффикс -ко, который в юго-западных говорах (украинских, белорусских, польских) выполнял ту же работу, что и русский -ов/-ев: превращал прозвище или имя в фамилию сына, а затем и в наследственное семейное имя. В основе лежит глагол «ходить» — но не в прямом, а в переносном, прозвищном смысле.

Ход (или Ходь, Ходо) — это сокращенная форма от славянского имени Ходослав или Ходимир, но гораздо чаще так называли человека по его манере или роду занятий. «Ходуном» или «ходушкой» в народе могли прозвать непоседу, того, кто постоянно в движении, не сидит на месте. Однако есть и более конкретная версия: «ходушка» — это старинное название пешего посыльного, гонца или скорохода. В XVI–XVII веках на украинских землях «ходушками» называли людей, которые ходили с поручениями, передавали вести, работали в почтовой или ямской службе. Таким образом, предок носителя фамилии Ходушко мог быть не просто подвижным человеком, а иметь определённую профессию — ходока, рассыльного.

Иногда фамилию связывают с диалектным словом «ходуля» — человек на ходулях, но это менее вероятно: суффикс -ушк- (в украинском варианте -ушк-) чаще образует уменьшительные или прозвищные формы, чем указывает на предмет. Встречается вариант написания Ходюшко, что подтверждает мягкость корня и южное происхождение. Географически фамилия привязана к западным областям Украины и югу Беларуси, особенно к Гродненской, Волынской и Ровенской областям. В России фамилия редкая, встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — как результат переселения украинских крестьян в XIX–XX веках.