Фамилия Ходунаев образована от прозвища Ходун или Ходунай. В её основе — древнерусское слово «ходун», которое имело два основных значения. Первое, самое прямое — «тот, кто много ходит, непоседа». Второе, более узкое и профессиональное — «пешеход», «скороход» или «ходок». В старину ходоками называли не просто любителей прогулок, а гонцов, посыльных и людей, чья работа была связана с постоянным передвижением.

Фамилия построена по продуктивной восточнославянской модели: к основе на -н- добавляется суффикс -аев, который является фонетическим вариантом более распространённого -ев. В русском языке после шипящих и мягких согласных суффикс -ев часто переходил в -аев под влиянием произношения (ср. фамилии типа Кисляев, Ширяев). Таким образом, Ходунаев — это «сын Ходуная», то есть потомок человека, носившего прозвище Ходунай.

В документах XVI–XVII веков встречаются люди с прозвищными именами Ходун и Ходунок. Например, в актах по Северо-Восточной Руси упоминаются крестьяне и посадские люди Ходуны. Это подтверждает, что прозвище было живым и распространённым в среде непривилегированного населения. Вероятно, предок современных Ходунаевых был либо расторопным гонцом, либо просто человеком с беспокойным, деятельным характером.

В словаре Б. О. Унбегауна «Русские фамилии» фамилии на -аев не выделяются в отдельную группу, а рассматриваются как варианты суффикса -ев. Сам корень «ход» в фамилиях — один из самых частых, но конкретная форма Ходунаев встречается реже, чем однокоренные Ходунов или Ходунков. Это делает фамилию более локальной и менее типичной для центральных областей России.

Поскольку прозвище Ходун не указывает на конкретную профессию вроде кузнеца или мельника, а описывает поведение или род занятий (ходьба), социальный статус первых носителей мог быть любым — от крестьянина до служилого человека «по прибору». Точная география фамилии требует отдельного анализа, но по частоте встречаемости она тяготеет к регионам, где в старину была развита система ямской гоньбы и передвижения — например, к Поволжью и центральным уездам.