Фамилия Ходунин образована от прозвища Ходуня. Даль дает несколько значений нарицательного «ходок»: «быстро ходящий, неутомимый на ходьбу»; «рассыльный, посыльный, пеший гонец»; «нищий»; «волокита». Возможно также, что прозвище связано со словом «ходун» в значении «брус кузнечного меха, приводящий его в действие». Поэтому можно предположить, что прозвище Ходуня относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ходуня, со временем получил фамилию Ходунин.