Фамилия Ходунины образована от прозвища Ходуня, которое давали человеку за манеру передвижения или род занятий. В словаре Владимира Даля находим несколько значений нарицательного «ходок»: «быстро ходящий, неутомимый на ходьбу»; «рассыльный, посыльный, пеший гонец»; «нищий»; «волокита». Понятно, что прозвище Ходуня могло закрепиться и за неутомимым пешеходом, и за человеком, чья служба требовала постоянного движения, — гонцом или рассыльным.

Менее очевидная, но любопытная версия связывает прозвище со словом «ходун» — так называли брус кузнечного меха, приводящий его в действие. Если предок постоянно работал у горна, его тоже могли окликнуть Ходуней, и тогда прозвище относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на ремесло. Правдоподобнее, впрочем, первая трактовка: прозвища от глагола «ходить» в русских говорах встречались чаще и относились к внешней особенности человека, а не к детали механизма.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ходунин — это «сын Ходуни», потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин образовывались от слов с окончанием на -а или -я. Само прозвище звучит уменьшительно-ласкательно, что характерно для бытовых именований в крестьянской и посадской среде XV–XVII веков.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и письменные источники фиксируют такие прозвища нерегулярно. Однокоренные фамилии — Ходунов, Ходунков, Ходунчиков — встречаются в разных регионах, что говорит о широкой географии исходного прозвища. Но в любом случае фамилия Ходунины сохранила память о живом народном слове, которое сегодня почти вышло из употребления, и потому остается любопытным памятником славянской письменности и культуры.