Фамилия Ходунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Ходун, вероятно, восходит к глаголу «ходить». Вероятно, Ходуном прозвали человека, неутомимого в ходьбе или быстро ходившего. Не исключено и то, что Ходуном прозвали человека, бывшего гонцом, или того, кто был выбран в качестве делегата, просителя, «ходока» в вышестоящие инстанции. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ходун, со временем получил фамилию Ходунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Ходунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ходунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.