Фамилия Ходуньков образована от прозвища Ходунько. Оно восходит к существительному «ходун», которое означает «быстро ходящий, неутомимый на ходьбу». Можно предположить, что именование Ходунько отражает некоторый особенности его обладателя. Так могли назвать того, кто любил долгие пешие прогулки. Кроме того, существительным «ходун» обозначали пешего гонца или рассыльного. В таком случае, прозвище Ходунько указывает на род деятельности человека. Так могли назвать того, кто выполнял обязанности посыльного. Также в старину ходуном именовали выборного представителя от народа, который обращался к важному лицу за помощью. Вероятно, прозвище Ходунько принадлежало тому, кто занимался защитой и отстаиванием интересов людей перед чиновником. Так и прозвище Ходунько закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ходуньков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ходунько, со временем получил фамилию Ходуньков.