Фамилия Ходуньков ведет начало от прозвища Ходунько, которое в старину давали неспроста. В его основе лежит существительное «ходун» — так называли человека быстрого, неутомимого в ходьбе, того, кто мог отмахать десятки верст без устали. Но у слова были и другие, более конкретные значения, и каждое из них могло стать поводом для прозвища.

Ходуном называли пешего гонца или рассыльного. В этом случае прозвище Ходунько указывало на род занятий человека: он разносил вести, выполнял поручения, связывал между собой разные концы села или уезда. Пешая служба требовала выносливости, и прозвище становилось профессиональной меткой.

Существовало и третье значение — ходун, то есть выборный представитель от народа, который ходил к важному лицу с челобитной или просьбой. Такой человек отстаивал интересы общины, защищал односельчан перед чиновником. Прозвище Ходунько могло закрепиться за тем, кто брал на себя эту хлопотную и почетную роль.

Модель образования фамилии проста и характерна для украинской и южнорусской традиции: уменьшительно-ласкательный суффикс -ко придавал прозвищу оттенок близости или иронии, а фамильный суффикс -ов присоединился к нему по русскому образцу. Так Ходунько превратился в Ходунькова — «сына Ходунько».

Сложно сказать, какое из значений легло в основу конкретной семьи: быстроногого ли пешехода, гонца или ходатая. Возможно, прозвище совмещало их — в любом случае оно говорило о человеке подвижном, деятельном, не сидевшем на месте. Со временем прозвище вытеснило крестильное имя в обиходе, а затем закрепилось за потомками как фамилия.