Фамилия Ходунаева — женская форма фамилии Ходунаев, которая встречается редко и имеет несколько возможных объяснений. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным словом «ходун» — так в некоторых русских говорах называли человека, который ходит вразвалку, качается при ходьбе, или же непоседу, суетливого, постоянно куда-то спешащего человека. Прозвище Ходун мог получить как тот, кто много и быстро ходит, так и обладатель характерной, заметной походки. Суффикс -аев в фамилии указывает на притяжательное значение: Ходунаев — «сын или потомок Ходуна». Форма на -аев, а не на -ов, встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий, что подтверждает происхождение от «Ходунь» или «Ходун».

Вторая, менее распространённая версия, возводит основу к тюркским языкам. В некоторых из них есть корни, близкие к «ходун» в значении «господин» или «владыка» (ср. казахское «ходжа»). Однако для фамилии с русским суффиксом -аев и без географической привязки к регионам с сильным тюркским влиянием эта гипотеза выглядит натянутой и не находит надёжных подтверждений в доступных источниках.

Географически фамилия Ходунаев встречается спорадически, без выраженного центра. Встречается она на юге России, в Поволжье и на Урале, что косвенно говорит о возможной связи с севернорусскими диалектами, где слово «ходун» фиксируется чаще. В сословном отношении предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвищные фамилии такого типа редко принадлежали дворянству.

Редкий суффикс -аев в сочетании с основой «ходун» делает фамилию Ходунаева отличной от более частых однокоренных — Ходунов, Ходунков. Если Ходуновых по России тысячи, то Ходунаевых — единицы, что указывает на возможное происхождение от одного конкретного прозвища в небольшой локальной группе.