Фамилия Ходусева — редкий случай, где сразу понятен корень, но неочевидна модель образования. Основа «ход-» отсылает к глаголу «ходить», а суффикс «-ус-» встречается в русских фамилиях нечасто и почти всегда вносит оттенок прозвища, часто с южнославянским или украинским влиянием. Скорее всего, в основе лежало прозвище Ходус — так могли назвать человека подвижного, непоседливого, скорохода или того, кто много ходит по делам, например странника или посыльного. В русских говорах слово «ходусь» или «ходус» не зафиксировано как нарицательное, но встречаются однокоренные прозвища: Ход, Ходун, Ходок. Суффикс «-ус» характерен для украинской и польской ономастики (сравните: Гайдус, Бондус), поэтому возможно, что фамилия сформировалась на западнорусских или малороссийских землях, а затем через переселения или миграции попала в центральные области.

Поскольку фамилия заканчивается на «-ева», а не на «-ина», она образована по патронимической модели от мужского прозвища Ходус с помощью притяжательного суффикса «-ев»: Ходус → Ходусев (чей сын? — Ходусев). Женская форма Ходусева — это либо жена Ходусева, либо дочь, но в современном употреблении она закрепилась как фамилия по отцу. В документах XIX века такая фамилия могла писаться и через «о» — Ходусов, но вариант с «-ев» указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный, что поддерживает версию о прозвище Ходусь (с мягким знаком).

Географически фамилия Ходусева не массовая, встречается точечно в Воронежской, Ростовской областях и на Украине, что косвенно подтверждает её южное происхождение. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвища такого типа редко давали дворянам, которые чаще получали фамилии от вотчин или церковных имён. Если искать параллели, то однокоренные Ход, Ходов, Ходунков встречаются чаще, а Ходусев — более редкий вариант, сохранивший старую суффиксальную форму без упрощения.