Фамилия Ходырева чаще всего происходит от прозвища Ходырь, которое в старину давали человеку с заметным характером или поведением. В русских говорах ходырем называли того, кто упрямился, отстаивал своё мнение, хорохорился, вёл себя гордо и задиристо. Отсюда и выражение «ходырем ходить» — то есть ходить козырем, кричать, браниться. Но прозвище могли дать и за скорость: так отмечали человека неутомимого в ходьбе или бегуна.

Есть и другая, вполне правдоподобная версия — профессиональная. Ходырем могли прозвать гонца, посыльного или «ходуна» — того, кого отправляли с прошением или поручением в вышестоящие инстанции. В этом случае прозвище связано с глаголом «ходить» и указывает на род занятий предка.

Существует и гипотеза о личном имени в основе фамилии. Здесь возможны два корня. Первый — мусульманское имя Ходыр (Хадыр, Кадыр), которое возводят к арабскому слову со значением «всемогущий, могущественный» или «почет, уважение». В мусульманской традиции Хадыром звали пророка, который, по преданию, нашёл источник живой воды, испил из него и потому будет жить до скончания веков. Второй — производная форма православного имени Феодор (Федор), что в переводе с греческого означает «дар божий». Однако эта версия менее убедительна: форма «Ходырь» от Федора не находит прямых аналогий в русской антропонимии, тогда как прозвищное происхождение подтверждается историческими записями.

Однокоренные именования встречаются в источниках с XV века. У С. Б. Веселовского записаны: Ходырь Иванович Скрипицын (начало XV века) и князь Иван Семенович Ходырь Шумаровский (начало XVI века). Прозвище и фамилия в старину были довольно популярны, а позже закрепились и в дворянской среде. В истории России отмечен нетитулованный дворянский род Ходыревых-Шумаровских. В начале XV века Глеб, сын Ивана Михайловича, князя Моложского, получил в удел село Шуморово на берегу реки Шуморы, ставшее центром Шумаровского княжества. Его внук Иван по прозвищу Ходыря, сын Семена Хромого, стал родоначальником Ходыревых. Таким образом, потомок человека с прозвищем Ходырь со временем получил фамилию Ходырев, а женская форма Ходырева закрепилась за его потомками.

Фамилия распространена преимущественно в Кировской области, что указывает на устойчивое бытование прозвища в вятских говорах. Среди людей, прославивших фамилию, известны воевода Парфений (или Порфирий) Ходырев, управлявший Ленским острогом в 30-х годах XVII века, а также советский и российский государственный деятель Геннадий Максимович Ходырев (родился в 1942 году). В целом фамилия Ходырева — это пример того, как прозвище, данное по характеру, скорости или роду занятий, закрепилось в роду и пережило несколько столетий.