Фамилия Ходыркер — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано не со славянскими, а с еврейскими (ашкеназскими) корнями. Об этом говорит характерный суффикс -ер, который в фамилиях восточноевропейских евреев часто указывает на профессию или место жительства (ср. Шойхет, Меламед, Кантор). Основа «Ходырк» в таком случае — это искажённое или диалектное название занятия.

Вероятнее всего, Ходыркер — это вариант фамилии Ходоркер, образованной от названия местечка Ходорков (укр. Ходорків) в Житомирской области (бывшая Киевская губерния). В конце XIX — начале XX века в местечках черты оседлости было принято давать фамилии по названию города или местечка, откуда человек родом. Суффикс -ер здесь заменяет более привычное русское окончание -ский: Ходорковский и Ходыркер — по сути, одно и то же, только первая фамилия «окающая», а вторая — «ыкающая» (переход «о» в «ы» под влиянием местных говоров или просто ошибка писарей при записи). Таким образом, предок носителя фамилии Ходыркер был выходцем из Ходоркова.

Менее правдоподобная, но не исключённая версия — профессиональная. В идише слово «ходер» (חדר) означает «хедер» (начальная еврейская религиозная школа), а «ходеркер» могло бы означать учителя или содержателя такой школы. Однако в этом случае фамилия звучала бы как Хадеркер, а не Ходыркер. Географическая версия выглядит убедительнее, тем более что в метрических книгах и переписях встречаются записи фамилии именно в форме Ходоркер.

В русском написании фамилия закрепилась с буквой «ы» — Ходыркер. Это типичный случай адаптации иноязычной фамилии к фонетике русского языка: звук, средний между «о» и «у», записали как «ы». Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к мещанскому или купеческому сословию, реже — к ремесленникам. Фамилия крайне малочисленна, её обладатели до сих пор живут в основном на Украине и в России, а также в Израиле и США.