Фамилия Ходжибекова — женская форма, а её мужской вариант Ходжибеков. Словообразовательная модель прозрачна: к основе «Ходжибек» добавили суффикс -ов (в женском роде — -а). Такие фамилии на -ов/-ев типичны для русской традиции, но сама основа явно восточная, тюркского происхождения.

Основа «Ходжибек» составная. Первая часть — «ходжа» (хожа, ходжи) — восходит к арабскому «ходжа», что означает «господин», «хозяин», «наставник» или «человек, совершивший хадж». В тюркских языках это слово закрепилось как уважительное обращение к учителю, купцу или духовному лицу. Вторая часть — «бек» (бей) — тюркский титул, обозначающий князя, правителя или военачальника. Таким образом, имя Ходжибек (или Ходжабек) дословно переводится как «господин-бек» или «бек, совершивший хадж», что подчеркивало высокий социальный статус и религиозное благочестие носителя.

Фамилия Ходжибекова распространена среди народов, где смешались тюркские и иранские влияния — прежде всего у узбеков, таджиков, а также у народов Кавказа (например, у кумыков или азербайджанцев). В русской среде она могла появиться через официальную фиксацию в документах при переселении или в советское время, когда многие восточные фамилии получили русские окончания. Предки носителей фамилии, скорее всего, принадлежали к знати или духовенству — потомкам бегов или ходжей, которые играли роль в местном управлении или религиозной жизни.

Интересная деталь: в некоторых регионах фамилия могла писаться через «а» — Хаджибекова, что связано с вариантом «хаджи» (паломник). Это не ошибка, а диалектная или историческая особенность. Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Ходжаев, Беков, Ходжабеков показывает, что основа «Ходжибек» была популярным личным именем у тюркских народов, которое затем закрепилось как фамильное прозвание.