Фамилия Ходжайбекова образована по самой распространённой в русском языке патронимической модели — с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «дочь (или потомок) Ходжайбека». В основе лежит мужское личное имя Ходжайбек, которое, в свою очередь, составное, тюркско-персидского происхождения.

Первая часть, «ходжа», восходит к персидскому слову, означающему «господин», «хозяин», «наставник» или «учитель». В тюркской среде это слово стало почётным титулом, который давали уважаемым людям, купцам или религиозным деятелям. Вторая часть, «бек», — древний тюркский титул, первоначально обозначавший племенного вождя, князя или владетеля. В более поздние времена «бек» стал частью многих имён и фамилий, указывая на знатное или уважаемое происхождение.

Таким образом, имя Ходжайбек буквально означает «господин-бек» или «почтенный бек». Фамилия Ходжайбекова, соответственно, говорит о том, что предок носителя носил это составное имя, подчёркивающее его высокий социальный статус, знатное происхождение или роль наставника.

С точки зрения географии, фамилия типична для народов Средней Азии, особенно для узбеков и таджиков, у которых распространены сложные имена с компонентами «ходжа» и «бек». В русском языке фамилия закрепилась в женской форме (на -а), как это принято для большинства фамилий на -ов/-ев. Искать однокоренные аналоги стоит среди фамилий Ходжаев, Ходжиев, Беков, Бекмуратов — все они происходят из того же культурного и языкового круга, где титулы и звания становились основой для родовых имён.