Фамилия Ходжикян — армянская по происхождению, на что прямо указывает суффикс -ян, один из самых распространённых патронимических формантов в армянской ономастике. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, означает «принадлежащий к роду» или «потомок кого-либо». В русской традиции фамилии на -ян обычно не склоняются, сохраняя свою исходную форму.

Основа фамилии — «Ходжик» — представляет собой уменьшительно-ласкательную форму от слова «ходжа» (или «ходжя»). В тюркских языках, откуда это слово попало в армянский, «ходжа» означает «господин», «хозяин», «учитель» или «почтенный человек». В Османской империи и на Кавказе так нередко называли купцов, богатых землевладельцев, а также мусульманских духовных лиц или учителей в медресе. Добавление уменьшительного суффикса -ик в армянском языке придаёт основе оттенок уважительной ласки или указывает на младшего родственника: «маленький ходжа», «сын ходжи».

Таким образом, фамилию Ходжикян следует понимать как «потомок Ходжика», где Ходжик — это личное прозвище или уменьшительное имя человека, которого в семье или общине уважительно называли «маленьким господином» либо «сыном ходжи». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывают на отца напрямую (Иванов — сын Ивана), армянский суффикс -ян фиксирует родовую принадлежность, что делает фамилию более древней по модели образования.

Носители фамилии Ходжикян исторически сосредоточены в регионах, где армянское население долгое время соседствовало с тюркским и персидским миром: в Западной Армении (ныне восток Турции), в Нагорном Карабахе, а также в армянских общинах Ирана и Сирии. После геноцида армян 1915 года многие носители фамилии рассеялись по миру, поэтому сегодня Ходжикян можно встретить в диаспорах России, США, Франции и Ливана. В армянской ономастике эта фамилия — редкий пример, где армянский патроним образован от тюркского титула с ласкательным суффиксом, что отражает сложное переплетение культур Закавказья.