Фамилия Холиков — это, скорее всего, не самостоятельное имя, а фонетический вариант более распространенной фамилии Голиков. Такая замена начального «г» на «х» — типичное явление для южнорусских и украинских говоров, где звук «г» произносится как фрикативный, близкий к «х». Поэтому, анализируя происхождение, мы в первую очередь обращаемся к корням фамилии Голиков.

Основа фамилии — прозвище Голик. В русском языке этим словом называли веник без листьев, голый прут. Такое прозвище могли дать по двум причинам. Первая — чисто внешняя: так нередко называли лысого или наголо бритого мужчину, проводя аналогию с голым, очищенным от листвы веником. Вторая версия отсылает к социальному положению. Слово «голик» здесь сближается с понятиями «голь», «голынь», то есть бедность, неимущие люди. В этом случае прозвище Голик указывало на принадлежность человека к бедному сословию, отражало его небогатый статус. Обе версии имеют право на существование, но вторая, социальная, кажется более весомой: в старину прозвища, данные по имущественному положению, были очень распространены.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия, которая выводит фамилию напрямую от прозвища Холик. В этом случае основой служит слово «холь» — забота, уход. Тогда прозвище могло характеризовать человека учтивого, отзывчивого и доброго, за которым требовался уход, либо того, кто сам был внимателен к другим. Однако эта гипотеза выглядит искусственной: она не объясняет массовость фамилии и игнорирует очевидную связь с фамилией Голиков, которая встречается гораздо чаще.

Как бы то ни было, механизм образования фамилии классический. Прозвище Голик (или Холик) закрепилось за человеком как основное именование, а затем, при передаче по наследству, к нему добавился типичный русский патронимический суффикс -ов. В итоге потомок человека по прозвищу Голик стал носить фамилию Голиков, а в тех регионах, где «г» смягчалось в произношении, она закрепилась в форме Холиков.