Фамилия Холонькова — женская форма, мужской вариант — Холоньков. С первого взгляда её основа кажется затемнённой, но на самом деле словообразовательная модель здесь прозрачная, а вот корень действительно допускает несколько трактовок.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ов (-ев), указывающего на родство: «чей?» — Холоньков, то есть потомок человека по прозвищу или имени Холонько. Сама основа Холоньк- — это уменьшительно-ласкательная форма (суффикс -к-), которая могла возникнуть от прозвища Холоня или Холон. Но что стоит за этим корнем?

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «холоня» — так в некоторых русских говорах называли нерасторопного, вялого или сонного человека. Слово родственно глаголу «холонеть» (коченеть, застывать, терять подвижность). Прозвище Холоня мог получить медлительный или флегматичный человек, а его дети стали Холоньковыми. В этом случае фамилия относится к группе «характерологических» прозвищ, которых в русском ономастиконе очень много.

Вторая версия — топонимическая. На карте России встречаются небольшие населённые пункты с корнем Холон- (например, деревня Холонь в Новгородской области). Житель такой деревни мог получить прозвище Холоньский или Холонько, которое затем закрепилось как фамилия. Эта версия менее вероятна, так как фамилия не имеет типичного «географического» суффикса -ский, но полностью исключать её нельзя.

Третья, более редкая гипотеза — связь с личным именем Холон, которое могло быть вариантом крестильного имени Филипп или Харлампий в простонародном произношении. Однако документальных подтверждений бытования такого имени в святцах нет, поэтому версия остаётся гипотетической.

Фамилия Холонькова — довольно редкая, её концентрация выше в центральных и северо-западных областях России. Суффикс -к- в основе указывает на то, что прозвище было ласкательным или уменьшительным, что типично для фамилий, возникших в крестьянской среде. Сословно это, скорее всего, фамилия бывших крепостных крестьян или однодворцев, где прозвища давали метко и без затей.