Фамилия Хоронькова — женская форма, мужская — Хороньков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хоронько. Чтобы понять его смысл, нужно заглянуть в южнорусские и украинские говоры, где «хорониться» означает прятаться, таиться, скрываться. Соответственно, Хоронько — это тот, кто прячется, уклончивый, нелюдимый человек, «скрытень». Такие прозвища давали не обязательно в осуждение — в крестьянской среде могли назвать и ребёнка, который любил играть в прятки, и взрослого, державшегося особняком.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -к- (Хоронько) и далее стандартный патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Хоронька». Фамилия недвусмысленно говорит о происхождении из среды, где бытовали украинские или южнорусские говоры — скорее всего, с территории современной Украины, Белгородской, Курской или Воронежской областей. Там слово «хорониться» в значении «прятаться» было обиходным.

Встречаются и альтернативные, но менее убедительные версии. Например, связь с глаголом «хоронить» (погребать) — тогда Хоронько мог быть могильщиком или человеком, связанным с похоронным делом. Однако такая трактовка менее вероятна: в прозвищах ремесленников обычно использовали прямые названия профессий (Гробарь, Могильник), а уменьшительная форма на -ко для названия занятия нетипична. Кроме того, если бы корень был от «хорона» (похороны), фамилия скорее звучала бы как Хоронов, без суффикса -к-.

С точки зрения социального статуса носители фамилии Хороньковы, скорее всего, были крестьянами или казаками. Украинские и южнорусские фамилии на -ко в массе своей закрепились именно за этими сословиями. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не прослеживается. Написание через «о» в первом слоге устойчиво, хотя в диалектах могла встречаться и форма «Хароньков» — под влиянием аканья, но в литературной норме закрепился вариант с «о».