Фамилия Хоменкер — редкий случай на стыке восточнославянской и еврейской (ашкеназской) ономастики. Её основа — украинская или белорусская фамилия Хоменко (от имени Хома, народной формы христианского имени Фома), а суффикс -ер — типичный немецкоязычный показатель профессии или принадлежности, который в XIX — начале XX века часто добавляли к славянским фамилиям в черте оседлости. То есть Хоменкер — это не «сын Хомы», а «человек из рода Хоменко» или «тот, кто работает у Хоменко». Такая модель (славянский корень + идишский или немецкий суффикс) встречается у фамилий вроде Шапиро, Рабинович, но для фамилии на -кер она более характерна для ремесленных прозвищ: беккер (пекарь), шнайдер (портной). Однако здесь суффикс не указывает на конкретное занятие, а скорее «офамиливает» чужую фамилию.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от немецкого слова «Hohn» (насмешка, издёвка) или диалектного «Hohmann» (насмешник), но она не объясняет славянского «Хомен-» в начале. Скорее всего, перед нами случай, когда при переписи или оформлении документов (особенно в местечках Волынской, Подольской или Киевской губерний) носитель фамилии Хоменко получил германизированное окончание — либо по ошибке писаря, либо по желанию самого человека, чтобы фамилия звучала «по-европейски» для записи в ремесленный цех или гильдию.

Фамилия почти не встречается за пределами бывшей черты оседлости. По данным открытых архивов, единичные носители Хоменкер фиксируются в Одессе, Киеве и некоторых городах Беларуси. В современной России фамилия крайне редкая — её можно встретить скорее у потомков переселенцев конца XIX — начала XX века. Социально предки Хоменкер, скорее всего, были мещанами или ремесленниками — не крестьянами и не дворянами, а городскими жителями местечек, где смешение языков и культур порождало такие гибридные формы.