Фамилия Хоменкова — женская форма от Хоменков, и её разумнее разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хоменко, а то, в свою очередь, восходит к слову «хомяк». Связь прямая: на Руси хомяком могли прозвать человека невысокого роста, плотного телосложения или того, кто, подобно зверьку, запаслив и домовит. Менее вероятна, но возможна связь с украинским диалектным «хомен» — так кое-где называли ленивого, медлительного человека.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий. Суффикс -енк(о) в украинской и белорусской традиции указывал на потомка или на принадлежность к роду: Хоменко — буквально «сын Хома» или «маленький Хом». А окончание -ов в русской версии Хоменков добавило притяжательное значение («чей?» — Хоменков), закрепив фамилию в северных и центральных областях России. Хоменкова, соответственно, «дочь или жена Хоменкова».

Географически фамилия Хоменковы чаще встречается на юге России, в Черноземье и в приграничных с Украиной областях, что подтверждает её происхождение из украинской ономастической среды. В XIX веке носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, прозвищная.

Интересная деталь: в некоторых старых переписях фамилию записывали через «а» — Хомяков, путая с производным от животного. Но в варианте Хоменков сохранился именно уменьшительно-ласкательный суффикс, который смягчает исходное прозвище и делает фамилию отчётливо «сыновьей». Если ваш предок звался Хоменко, то он был не просто «хомяком», а скорее «хомячком» — либо по молодости, либо по характеру.